50%~90%的HPV病毒會在兩年內被機體免疫系統清除自愈，少數持續感染低危型HPV，有機會發展為尖銳濕疣；持續感染高危型HPV，則可能會發展為癌症，如宮頸癌、肛門癌等。
因此，一般進行婦科檢查時發現HPV，大多不用治療，只需定期檢查便可。但如果HPV惡化為尖銳濕疣、癌前變病、癌症等，就需要進行有效的針對性治療。
目前治療HPV所引起的疾病，其方法有很多，主要以物理治療和藥物治療較為常見。
物理治療包括：激光、手術、冷凍等治療，但大多只能治標不能治本，會有複發的可能。
而常規的藥物治療在某程度上能抑制病毒，但並不能有效清除病毒，因此仍有複發的可能。
要徹底清除病毒，最好的方法就是聽從醫生的指示，飲食方面以清淡食物為主，不吃海鮮和辛辣刺激的食物，及時補充蛋白質，不抽煙不喝酒，還要禁止性生活。
最後，香港時代醫療提醒，雖然HPV疫苗能有效預防HPV病毒，但是仍然存在一定的局限性，所以接種疫苗後，別忘記還需要定期進行全面檢查，才能真正預防HPV病毒的入侵。