1) 組織化學檢查：利用已知的抗體與抗原的特異性結合反應，藉助顯微鏡觀察，確定是否感染疣體病毒。
2) 疫組織學檢測：用過氧化物酶抗過氧化物酶的方法顯示濕疣內的病毒蛋白，證明疣損害中有病毒抗原。
3) 醋白試驗：使用3%～5%的醋酸溶液浸濕的紗布包繞或敷貼在可疑的皮膚或黏膜表面，觀察皮膚或黏膜表面的表現，如:出現白色丘疹或疣贅狀物為典型的尖銳濕疣損害，白色的斑片或斑點為亞臨床感染。
4) 聚合酶鏈反應：通過提取病變組織或可疑部位樣品，提取DNA，利用特異引物對目標DNA予以擴增，該法敏感性高，特異性強。
5) 細胞學檢查：主要檢查女性陰道或宮頸上皮有否HPV的感染，常用有柏氏抹片法。
6) 陰道鏡檢查：用於對宮頸陰道部黏膜的觀察，外陰及陰道上皮的檢查，對宮頸上皮的亞臨床感染，HPV感染引起的癌前期病變診斷有很大幫助。