不管什麼疫苗都有可能會出現某程度的副作用，輕重因人而異，但大多數都不存在極大的危險性，13價肺炎疫苗也是一樣。
接種疫苗後，少數人會出現低熱、注射部位疼痛或紅腫等輕微13價肺炎疫苗的不良反應，一般2-3天後癥狀會消失，極少數人會出現過敏癥狀，甚至是器官衰竭等嚴重不良反應。因此家長在孩子打完疫苗後，應該讓小朋友多喝些水，多休息，儘可能在醫院停留30分鐘，一旦小朋友出現疫苗後不良反應，能及時獲得適當的治療。
為了孩子的健康，家長應該儘早地為小朋友接種13價肺炎疫苗，同時平日亦應該給予讓小朋友均衡飲食以獲得足夠的營養，以及有充足的睡眠和運動，提高自身的免疫力，這樣才能有效對抗肺炎鏈球菌的入侵，減少兒童肺炎出現的幾率。