引起肝病的病因有很多，常見的包括病毒感染、酒精、藥物、肥胖、免疫因素和遺傳因素等。

病毒感染

肝炎病毒主要分為嗜肝病毒和非嗜肝病毒，其中甲型肝炎病毒、乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、丁型肝炎病毒、戊型肝炎病毒都屬於嗜肝病毒。此外，一些非嗜肝病毒包括如鉅細胞病毒(CMV)、EB病毒(EBV)、單純皰疹病毒(HSV)等亦可導致肝炎。

嗜肝病毒是一類主要感染肝臟並在肝細胞內複製的病毒，通過不同途徑傳播（如甲肝和戊肝主要通過糞口途徑傳播，乙肝、丙肝和丁肝則通過血液途徑傳播），可引發急性肝炎或慢性肝炎，嚴重時甚至導致肝硬化和肝癌。

藥物濫用

各類處方或非處方化學藥物、生物製劑、傳統中藥、天然藥、保健品、膳食補充劑及其代謝產物乃至輔料等可誘發藥物性肝損傷。

免疫紊亂

根據主要受累的肝細胞類型不同，自身免疫性肝病主要分為兩大類，分別是肝細胞受累的自身免疫性肝炎和膽管細胞受累的自身免疫性膽管病（如原發性膽汁性膽管炎、原發性硬化性膽管炎、IgG4相關硬化性膽管炎）。

儘管醫學界目前對自身免疫性肝病的病因尚不明確，但普遍認為遺傳、自身免疫功能異常是本病的主要原因。

血液循環障礙

如慢性右心心力衰竭、縮窄性心包炎和各種病因引起的肝靜脈阻塞綜合徵(包括布加綜合症、肝竇阻塞綜合徵);

遺傳和代謝性疾病

如銅代謝障礙所致的肝豆狀核變性、鐵代謝障礙所致的血色病、肝糖原累積症、甲狀腺功能亢進等均可以引起肝臟炎症。

細菌或阿米巴原蟲感染

由其他器官或組織的病原菌遷移至肝臟，或阿米巴病原體侵入肝內，可形成肝膿腫。

酒精

被世界衞生組織列為一級致癌物。據統計，2020年全球約74萬例新發癌症與飲酒相關，其中中國佔28萬例。酒精代謝產物乙醛可直接損傷DNA，並干擾肝臟的脂質代謝，導致脂肪肝、肝炎甚至肝癌。

黃麴黴毒素

黴變食物中的黃麴黴毒素是已知最強生物致癌劑之一，主要通過代謝活化後與DNA結合，引起抑癌基因突變。值得注意的是，高温是無法完全破壞黃麴黴毒素，切勿因「捨不得」而冒險食用。

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