母血Y染色體基因檢測的原理主要是抽取孕婦少量的靜脈血作為檢測樣本，提取母體血液中的胎兒染色體進行分析，若發現Y染色體表示胎兒為男性；反之則表示胎兒為女性。此方法對孕婦和寶寶幾乎不存任何不良反應及流產風險。
優點：母血Y染色體基因檢測判斷寶寶性別對母嬰傷害極小，且大多可在懷孕7周以上進行。香港時代醫療的母血Y染色體基因可在孕婦懷孕5周時即可進行，且最快當天拿到結果，準確率高達99.99%。
缺點：由於大陸已明確禁止醫生向孕婦或其家屬透露胎兒性別，因此只能遠赴香港才能進行此項檢測;另外，如果孕婦是多胞胎懷孕，母血Y染色體基因檢測可能無法準確檢測出所有寶寶的性別。