在親子鑑定領域，判斷彼此是否為親生關係主要依賴於基因相似度的分析，而親生關係的基因相似度需達到99.99%及以上時才能被確立。 這是因為每個人的DNA雖然是獨一無二，但直系親屬之間會共享大量的遺傳信息，使彼此基因相似度極高，幾乎達到99.99%及以上。如果基因相似度遠低於這個水平（如低於99%），則通常認為他們之間不存在親生關係。

在司法實踐中，親子鑑定並非單純依據基因相似度百分比來判斷，而是主要依賴於累計親權指數（CPI）。計算公式如下：CPI=P（D|Hp）÷（D|Hd）。其中，Hp為親生假設，Hd為非親生假設，D為檢測數據。

累計親權指數通常要求累積非父排除率大於0.9999，即累計親權指數必須達到10000以上，才能認定具有親子關係的概率在99.99%以上。這意味着，在檢測的位點中，被檢測男子和孩子必須有足夠的位點符合，才能得出兩者有親子關係的結論。

然而，在極少數情況下，由於基因突變等原因，即使是被鑑定人與孩子之間存在親生關係，也可能出現基因相似度略低於99.99%的情況。此時，就需要結合其他證據和專業知識進行綜合判斷。因此，基因相似度雖然是一個重要的判斷指標，但並不是唯一的依據。在某些複雜情況下，還需要結合其他因素（如家庭背景、生育史等）進行綜合分析。

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