很多人都擔心HPV疫苗副作用，自HPV疫苗上市以來，不少人都對它產生各種各樣的誤解，甚至出現恐慌。
澳大利亞是第一批實行免費HPV疫苗免疫計劃的國家之一，該國在12至26歲女性接種HPV疫苗的覆蓋率達到70%。結果顯示：從2007年執行HPV疫苗免疫計劃後，尖銳濕疣的發病率有了顯着降低。 截止目前，HPV疫苗已經在超過100多個國家獲得使用許可，超過1.2億劑的HPV疫苗得到使用，並被世界衛生組織列為預防宮頸癌和其他HPV相關疾病的一線疫苗。
此外，HPV疫苗不帶病毒遺傳物質的DNA，是病毒樣顆粒，因此非常安全。以往的滅活或減毒活疫苗是將病毒注入體內，刺激機體產生免疫反應，因此疫苗中的病毒會有毒性復活的可能，但通過基因工程改變的HPV疫苗，只含有病毒的蛋白外殼，並沒有具備傳染的DNA，因此接種疫苗後不會出現任何感染情況。
雖然如此，但HPV疫苗始終屬於藥物，和其他疫苗一樣也會出現一些不良反應，諸如：局部的紅腫疼痛以及發燒、頭暈、噁心等全身癥狀，反應大多輕微且很快消退。加上，肌肉注射疫苗後，身體或多或少都會對異源性蛋白產生反應，因此即使接種疫苗出現輕微不良反應，也不代表疫苗是不安全的。